1.换水过程中造成：
绝大多数饮水机的结构一般是由桶装水的桶颈倒过来放在饮水机的座上，在桶装水装上饮水机以后，每放出一升，必定有相应的一升体积的空气夹带的灰尘、多种细菌也随之附着在饮水机内部，此后细菌会在饮水机内不断繁殖，呈淡黄色，黏滑感。时间一长就可达到危害人体健康的程度。

2.饮水机内部结构造成：

桶装水里的水通过饮水机软管流入两个水胆内，一个是热水胆，一个是冷水胆，这两个水胆除了将冷热水分区之外，还起到沉淀水中杂质的作用，问题就出在水机座以及冷热水胆内的三个部分。人们通常在桶装水喝完之后，只重新换上一桶水就了事，却忽视了在换水过程中，饮水机内胆还会一直存有近1000毫升的水，一桶水喝的时间越长，空气所夹带的细菌繁殖的数字就越惊人。停用一段时间或高温高湿条件下的饮水机，造成的二次污染更大。

3.加热过程中造成：

由于桶装水在经过长时间的加热升温，容易产生水垢，附在储水斗或热胆内，长时间累积会形成一层层黄色物质，二次污染桶装水。